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Les étudiants inscrits en Magistère d’Économiste-Statisticien suivent l’ensemble des cours nécessaires à l’obtention de la Licence puis du Master. Ils suivent également, chaque semestre, une formation complémentaire spécifique aux étudiants du Magistère. Ces enseignements spécifiques, ainsi que certains enseignements de la Licence ou du Master, sont ceux qui sont pris en compte pour la validation du Magistère. Les rapports de stages et, à partir du M1, les soutenances de stages de chaque année sont également pris en compte.
Notons que, si une moyenne générale de 10/20 est nécessaire à l’obtention de la Licence puis du Master, une moyenne générale de 10/20 est exigée pour valider chaque année du Magistère. Ainsi, un étudiant qui aurait obtenu une moyenne générale de 11/20 pour sa Licence, et une moyenne inférieure à 10/20 pour les matières du magistère, serait admis en Master 1 mais ne serait pas autorisé à poursuivre le Magistère en deuxième année.
En première année, les étudiants sont obligatoirement inscrits en Licence 3 Économie et Mathématiques à l’École d’Économie de Toulouse (TSE).
Les magistériens effectuent un stage de huit semaines minimum durant l’été.
Le cours Programmation Avancée de la Licence Eco-Maths au S1 est remplacé par un cours d’informatique suivi à l’Université Paul Sabatier (langage Python) ainsi qu'un cours d'analyse de données (langage R).
De plus, par rapport à la Licence 3 Éco-Maths classique, le cours Mathématiques de la Décision est remplacé par un cours de statistiques (descriptive, inférentielle, multidimensionnelle...) et un cours d'informatique (langage Python) suivi à l’Université Paul Sabatier.